肿瘤基因检测

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2023-4-6 17:28
医帆远航
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肿瘤基因检测,对于业内人士来说,从来就不是什么“高大尚”的技术;但是,对于医生或患者来说,那可就真的是“既熟悉又陌生”的高科技技术!如何能让医生或患者通俗易懂的了解肿瘤基因检测,那可真是一门技术活,毕竟市场的教育还不够!


今天跟大家分享关于肿瘤基因检测的 10个问题,希望能对大家有所帮助!


1.什么是肿瘤基因检测?

顾名思义,就是针对与肿瘤相关的基因进行检测的一门技术。

目前的市场上,肿瘤基因检测的产品方向主要有以下几种:

•肿瘤易感基因检测:主要检测遗传多态性,这类产品的特点是频率高,致病性低,通常不直接致病,而是增加患病的风险;


•遗传性肿瘤基因检测:主要检测胚系突变,这类产品的特点是频率低,致病性高,一旦携带有这种突变,则得病的概率非常高,可能在50%以上,甚至于100%;


•肿瘤精准用药基因检测:主要包括化疗、靶向及免疫等药物。


在肿瘤精准用药检测中详细展开又有以下几点:

•化疗药物基因检测:比较简单,主要检测人体正常细胞的基因多态性(除了肿瘤组织的基因表达量),而不是测肿瘤细胞的基因突变,所以化疗药物基因检测还不能算是完全意义上的精准医疗,因为没有涉及对肿瘤细胞基因突变的分析;


•靶向药物基因检测:通常会检测肿瘤信号通路中特定基因的点突变/插入缺失/拷贝数变异/融合(结构变异)情况,从而找到对特定患者有效的药物或方案,算是真正意义上的精准医疗;


•免疫药物基因检测:主要检测与免疫治疗相关的生物标志物,比如TMB,PD-L1,MSI,MMR,HLA等,以期指导免疫治疗;


•肿瘤早期筛查基因检测:通过液体活检技术对ctDNA(甲基化)进行检测,在肿瘤早期或超早期的时候就能够发现基因水平的变化,从而达到早筛查,早发现,早诊断及早治疗的目的;

除上述外,还有肿瘤预后预测、疗效评估等基因检测......


2.肿瘤基因检测 panel 是什么?

Panel 其实是NGS(二代测序,高通量测序技术)技术发展起来的一个词语,主要指同时检测多个基因、多个位点。基因检测的 Panel 官方称之为“基因包”,也可以称之为“基因组合”,商业化的市场习惯称之为“基因套餐”。


就基因 Panel 本身来说,其实并没有指明所检测的基因数目应该是多少。几个基因可以是一个 Panel,几十个基因也可以是一个 Panel,几百上千个基因也可以是一个 Panel。就 Panel大小来说,不仅需要看检测基因的数目,还需要看基因所覆盖的区域大小。


3.肿瘤基因检测 Panel 中提及的指标什么意思?

•测序覆盖度:指测序获得的序列占整个 panel 基因组 size 比例。由于 Panel 基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。比如一个肿瘤panel测序,覆盖度是99%的话,那么还有1%的序列区域是没有通过测序获得的,Gap就是1%。


•测序深度:指测序得到的总碱基数/待测基因组大小,它是评价测序量的指标之一。假设一个 panel 的 size 为 2.0M,测序深度为 500X,那么获得的总数据量为1.0G。(它的测序深度=总数据量 1.0G/panel 大小 2.0M=500X)。


•有效测序深度:不等同于测序深度,是指可信的去除重复序列(dup)后目标区域的平均深度。比如 2.0M 的 Panel Size,下机数据量1.0G,有50%数据落在目标区域(on target),50%为重复序列,那么其测序深度为500X (1.0G/2.0M),有效深度仅为125X(1G*50%*50%/2.0M)。


•灵敏度( sensitivity) :指患者中试验阳性者所占比例。对应假阴性率。计算公式:灵敏度( Sen) = a/( a+ c) % 。


•特异度( specificity) :指没有患病的人中试验阴性者所占比例。对应假阳性率。计算公式:特异度( Spe) = d/ ( b+ d) % 。


•检出限(LOD):Limit of detection,是指样品中分析物可被检出的最低的含量,此项指标体现了试剂检测的分析灵敏度。


4.提高测序深度会不会提高检出限(LOD)?

提高测序深度可以增加检测灵敏度、特异性,同时提高检出限,但不能突破极限检出限。


在DNA量一定的情况下,满足一定量测序深度后,检出限存在理论极限值,单纯通过增加测序深度并不能降低检出限,盲目加大测序深度只会产生更多的重复(duplication),造成数据浪费,所以测序深度并非越深越好。比如 ctDNA上样量为 33ng(10000拷贝),文库构建转化率50%,就是5000个拷贝,测序深度增加再深,理论上最多也只能测出5000个拷贝,LOD也不可能达到万分之一的。


5.肿瘤基因检测技术中,对于Reads,Raw Reads及Clean Reads是如何进行理解的?

Reads:高通量测序平台产生的序列就称为reads。

Raw Reads:原始下机数据称为Raw Reads(Raw data)。

Clean Reads:通过生物信息的方法,去除一些质量差的reads(比如测序错误,长度小于20的reads,接头序列,UMI序列等),得到Clean Reads(Clean data)。


6.肿瘤基因检测,对于新鲜组织、石蜡切片、胸腹水、外周血样本类型应该如何选择呢?

毋庸置疑,组织应该是金标准,有组织的情况下,肯定组织优先。

按照检出率的话,新鲜组织>石蜡切片>胸腹水上清>胸腹水细胞>外周血。

不过做肿瘤基因检测的话,最主要的还是要考虑临床取样的便捷性!


7.无法取到组织的时候,什么情况下才适合用外周血进行基因检测呢?

无法取得组织的话,最好是临床处于中晚期(临床Ⅲ期后)的患者才适合用外周血进行基因检测。同时,外周血ctDNA检测最好是在没有经过任何治疗之前进行采血检测,放化疗和靶向治疗均会对外周血ctDNA检测结果产生影响。


8.在使用肿瘤大panel做肿瘤用药或TMB检测的时候,是否需要提供外周血作为对照呢?

最好提供外周血进行对照,这样可以确保检测出的基因变异都是肿瘤细胞特有的。


9. 做肿瘤基因检测是不是panel越大越好呢?

其实,每种肿瘤基因检测产品(大中小panel)都有自己的优势,在真正选择产品的时候建议大家根据经济条件及患者的情况来选择。

•刚确诊时,可以选择几个/几十个基因的panel来进行检测;

•晚期多处转移时,尤其是耐药的患者,基因突变比较复杂紊乱,可以选择更大的基因panel去检测;

•如果需要进行免疫治疗,想检查TMB、MSI及MMR的情况,也可以选择大panel进行检测。

总之,根据具体的情况来吧,比如肿瘤的类型,检测的目的及意义,经济压力,消费能力等。


10.是不是所有的靶向药在用药前都需要做肿瘤基因检测?

不是的。

目前有接近一半的的靶向药,比如CDK4/6靶点的靶向药,索拉非尼、瑞戈非尼、卡博替尼等多靶点的抗血管生成靶向药物,使用前无需做基因检测。大家也可以去翻阅国家卫健委发布的《新型抗肿瘤药物临床应用指导原则(2022年版)》。

不过,对于有明确疗效/耐药靶点的药物,须遵循基因检测后才可使用!

不得在未做相关基因检测的情况下盲目用药哦!!!


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